第十六章 GCCGCCAGTTCC (第1/2页)
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傍晚,他被接二连三的电话吵醒。三家测序公司全都散发着大号拖延症的气质,像是约好了一样,在承诺时效的前一天晚上才和他沟通。
沟通的内容无非就是怀疑样本被污染了,所以提前声明不对测序结果的解读负责。
卢赫见怪不怪地一顿“嗯嗯啊啊好好好”迅速把他们都给打发了,随后邮箱被测序报告塞满。
他从床上爬起来,穿戴整齐,甚至用梳子蘸水梳了头发。
随后他郑重地走下楼,走进细胞间,一屁股坐在电脑前,伸手去手捞椅背,把正在忙碌的菜菜一把拽了过来。
“歇会儿歇会儿,陪我吃瓜。”
这次他们率先打开了基因组原始数据。基准30亿个碱基对,有效分析了30亿个碱基对。Gc含量57%。
怎么还是这么高?
两人的脑袋凑在一起,紧盯着屏幕上缓缓滑过的密密麻麻的字符。这次依然是满屏的红和绿,但红多绿少。
“停!”菜菜指着刚掠过的一段字符惊呼,“你看这段,GccGccAGttcc,这不是终止子吗?”
卢赫定睛一看,“是啊,这是转录终止修饰点,而且是依赖Rho因子[1]的的转录终止。”
“终止,好多终止,全是终止!”菜菜又一次惊呼,“停!这段,Gc区[2]下游怎么没有tAtA区[3]啊。我只知道组蛋白可以没有Gc区,这没有tAtA区的是什么鬼啊?”
鼠标继续翻动,两人逐渐陷入沉默。
许久之后,卢赫打破了这死寂的气氛,但从他嘴里说出的并不是菜菜所期待的正经话。
“真是离谱他妈给离谱开门,离谱到家了。”他边感慨边点开了刚刚下载好的线粒体基因,在软件加载期间合了好几下眼。
软件加载完成,线粒体基因没有太多注释,可翻了几下后,两人还是犹如半截木头般僵在那里。从地下室天窗投射出的一缕橙红色的阳光,缓缓从卢赫的脸上掠过,他连眼睛都没眨一下。
渐渐的,天色完全暗下来,电脑屏幕上反射出天花板上白炽灯管的轮廓,正好遮挡住屏幕的正中央。
“GGAGGGcGAGGctccGtcctAGccttG。。。”卢赫偏了偏头,默念着其中的一段碱基序列,重启电脑进了Linux,然后在命令行下快速敲击。
一顿操作下来,他揉着脖子对着黑色背景下一格一格往前爬的亮白色进度条沉思。一旁的菜菜眯着眼睛念出命令行中的小字:“cRISpR。。。cas。。。Finder?你不会真以为他会有cRISpR系统吧?这太荒诞了。”
卢赫揉乱了自己的头发,“葫芦上藤上结南瓜。咱们搞研究的,总得有点儿想象力吧。”
不一会儿,软件装好了。他在命令行敲出一大行命令:perl cRISpRcasFinder.pl -in Stupid_turtle.fna -out Stupid_turtle_crispr_cas -def General -cas -ccvr -ccc -gscf -keep -html -cpum 32 -cpup 32 -xr 555 -md 50 -t 50
按下回车键后,藏在桌子背面的大机箱嗡嗡地运转了起来。
“法国人搞出来的开源软件,能预测cRISpR序列和cas的位置。他究竟是不是大细菌,是什么样的大细菌,等会儿一目了然。”
他说完戳了戳还在发愣的菜菜,“喂,怎么还僵着呢。你对新事物的接受能力完全不行啊。看来老呆在这儿干体力活也不行,回头你每周给我做两次文献汇报吧。记得看最新的,保准跟科幻小说一样给你看得一愣一愣的。”
进度条一点一点往前走,即将100%。菜菜目不转睛神色紧张,好像那些闪烁跳跃的格子是追在她身后的怪物,“你别说话了,我紧张,万一他是外星人怎么办?”
“哈哈。”卢赫笑出声来,“你可真是太保守了,你应该这样想:万一他不是人怎么办?你之前不是说他是大细菌吗?”
正说着,软件运行完毕,一个本地网页自动弹了出来。
confirmed cRISpRs: 31
Id: 01
cRISpR start position:
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